Arvonnassa oli mukana 32 joukkuetta, jotka sijoitettiin kolmeen maantieteelliseen koriin. Korit poikkesivat jonkin verran 1. ja 2. kierroksen arvontojen koreista. Uudenmaan joukkueet jaettiin kahteen eri arvontakoriin.
Arvonta suoritettiin korien sisällä siten, että arvottiin ensin kotijoukkue ja sen jälkeen sille vastustaja. Alempisarjalainen saa cupin tässä vaiheessa vielä kotiedun kuitenkin siten, että Nelonen ja sitä alemmat sarjat rinnastetaan samanarvoisiksi.
Cupin kolmas kierros pelataan ajalla 2.9. – 2.10.2016.
Miesten Respect Suomen Cupin 2017 kolmas kierros:
Kori 1 (Pohjoinen – Keski-Pohjanmaa)
TP-47 – FC Santa Claus
SJK Akatemia – KajHa
HauPa – AC Takinkääntäjät
SJK-j Apollo – PeFF
Kori 2 (Turku – Satakunta – Tampere – Uusimaa)
JanPa – P-Iirot
SC Wolves – FC Legirus Inter
KuuLa – KY-Sport
ÅIFK – KaaPo
NJS – HyPS
Kori 3 (Helsinki – Uusimaa – Kaakko – Itä)
JIPPO – Klubi 04
Ponnistajat – FC Honka
FC Finnkurd – Gnistan/2
LIK – MP
FC Aztecas – SexyPöxyt
ToTe – Jokerit FC
Kings SC – Gnistan
Lähde: SPL:n tiedote
