FC Hämeenlinna pelasi kaudet 2002-2004 Veikkausliigassa. Tämän jälkeen pelit jatkuivat Ykkösessä kahdeksan kauden ajan. Kauden 2012 päätteeksi joukkue putosi Kakkoseen, jossa se pelasi kaksi edellistä kautta.
Viime kauden päätteeksi FC Hämeenlinna putosi Kolmoseen, mutta talousongelmien takia seura päätti olla ottamatta vastaan kyseistä sarjapaikkaa.
Keskiviikkona FC Hämeenlinna julkisti omilla verkkosivuillaan, että kauden 2015 se pelaa Tampereen piirin Kutosessa.
