Tämän jälkeen joukkueet jakaantuvat valtakunnalliseen kahdeksan joukkueen ylempään, yksinkertaiseen jatkosarjaan, jossa pelaavat kummankin alkusarjalohkon neljä parasta joukkuetta. Lähtöpisteitä ylempään jatkosarjaan jaetaan alkusarjan sijoitusten perusteella 3-2-1-0. Jatkosarjan voittaja nousee suoraan Liigaan kaudelle 2014.
Ylemmän jatkosarjan ulkopuolelle jääneet joukkueet pelaavat kaksinkertaisen alemman loppusarjan oman lohkonsa joukkueiden kesken. Lähtöpisteitä alempaan jatkosarjaan jaetaan alkusarjan sijoitusten perusteella 3-2-1-0. Alemman jatkosarjan lohkojen kolmanneksi ja alemmaksi sijoittuneet joukkueet putoavat Naisten Kakkoseen seuraavaksi kaudeksi.
Lohko A
Football Club Rauma (FC Rauma)
Kimito Sportsforeningen (KSF)
Malmin Palloseura, Helsinki (MPS)
Pallokerho Keski-Uusimaa, Uusimaa (PK K-U)
Talenttiklubi 04, Helsinki (Klubi 09)
Tikkurilan Palloseura, Vantaa (TiPS)
Turun Weikot (TuWe)
Vantaan Jalkapalloseura (VJS)
Lohko B
FC Kuusysi, Lahti (FC Kuusysi)
Football Club Sport -39, Vaasa (FC Sport)
Hämeenlinnan Jalkapalloseura (HJS)
Idrottsföreningen Kamraterna Vasa (VIFK)
Ilves, Tampere (Ilves)
Jyväskylän Pallokerho (JyPK)
Tampereen Jalkapalloklubi (TJK)
Merilappi United, Kemi (Merilappi United)
Lähde: www.palloliitto.fi